KIM065F

Tillfällig

Proteomikdataanalys

3

Ren forskarutbildningskurs

7717 (Immunteknologi)

 -11-30

Mats Ohlin

Engelska

Vid tillräcklig efterfrågan

Proteomik har stor potential att ge ny biologisk insikt och att användas för att upptäcka nya biomarkörer. Användbarheten för resultat från proteomikstudier är dock i hög grad beroende av experimentell design och hur dataanalaysen utförs. Syftet med kursen är att ge deltagarna inblick i de olika stegen av dataanalys kopplade till kvantitativa, masspektrometribaserade proteomikexperiment och en grund för att kunna välja arbetsflöde och för basal hantering av masspektrometridata.

I den här doktorandkursen diskuteras egenskaper hos masspektrometribaserad proteomikdata, baserat på exempel med praktisk dataanalys. Kursdeltagarna får en överblick över befintliga lösningar för analys av proteomikdata.
Föreläsningar i kursen kommer att behandla 1) planering av proteomikexperiment, inbegripande val av arbetsflöde och prover, 2) hantering av rådata och analys med hjälp av olika informatiska verktyg, inklusive validering av peptid- och proteinidentifieringar, 3) formatering av data för publicering och deposition i publika databaser, samt 4) grundläggande statistisk analys av resultat och funktionell annotering. Övningarna kommer att behandla utvärdering av data från två olika arbetsflöden. Resultaten diskuteras utifrån signifikans och biologisk tolkning.

kunna redogöra för grundläggande principer för peptid- och proteinidentifiering med hjälp av masspektrometri.
kunna redogöra för för- och nackdelar med olika kvantitativa masspektrometriarbetsflöden för proteomik.

kunna hantera masspektrometridata i olika format.
kunna utföra proteinidentifiering från MS/MS-data.
kunna generera kvantitativa peptidrapporter från LC-MS/MS data.
kunna välja masspektrometribaserat analysflöde för proteinmätningar i olika biologiska kontext

kritiskt kunna förhålla sig till resultat från kvantitativa proteomikstudier.
inse konsekvenserna av små eller stora provgrupper, samt av multipla hypotesprövningar.

Föreläsningar

Seminarier

övningar

Inlämningsuppgifter

Seminarieföredrag av deltagarna

Aktivt deltagande vid föreläsningar, övningar och diskussionsseminarium.

Underkänd, godkänd

 

Utdelade bilder och artiklar

Kursen ges varje höst inom ramen för Life sciences kurspaketet (http://www.cmps.lu.se/life_sciences) förutsatt att minst 6 studenter antas.

KIM065F

 -11-30

Mats Ohlin