lu.se

Forskar­utbildnings­kurser

Lunds tekniska högskola | Lunds universitet

Detaljer för kursplan för kurs KFK005F giltig från och med VT 2021

Utskriftsvänlig visning

Allmänt
Syfte
  • Kursens syfte är att ge doktoranden avancerad kunskap om NMR-relaxationsteori och tillämpningar för studier av biomakromolekylär struktur och dynamik. Kursen fokuserar på metoder för att studera proteiner, men den grundläggande teorin är lika tillämplig på i stort sett alla slags molekyler i lösning.
Innehåll
  • Kursen börjar med grundläggande teori om NMR-relaxation, inklusive 'random-phase'-modellen för transversell relaxation,Bloch-Wangsness-Redfield-teori, stokastiska processer, korrelationsfunktioner och spektraltäthetsfunktioner, relaxations-mekanismer, interferenseffekter, samt kemiskt utbyte.
    Kurser omfattar vidare experimentella tekniker för att studera molekyldynamik med hjälp av NMR-relaxation.
Kunskap och förståelse
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • förstå grundläggande principer för NMR-relaxation.
    ha kunskap om hur man använder BWR-teorin för att undersöka vilka relaxationsmekanismer som är aktiva för ett givet element i täthetsmatrisen.
    ha kunskap om olika relaxationsmekanismer.
    ha kunskap om korrelationsfunktioner och spektraltäthetsfunktioner.
    ha kunskap om mångdimensionella NMR-experiment som används för att studera molekyldynamik på olika tidsskalor.
Färdighet och förmåga
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • ha förmåga att avgöra vilka relaxationsmekanismer som är aktiva i ett givet NMR-relaxationsexperiment.
    ha förmåga att designa nya pulssekvenser för att mäta en given typ av NMR-relaxationsdata.
    kunna ta välgrundade beslut om lämpliga kombinationer av NMR-relaxationsexperiment för att mäta dynamiska egenskaper hos ett protein av givet slag (storlek, spektralupplösning, etc)
    kunna tolka NMR-relaxationsdata i termer av molekyldynamik (rotationsdiffusion, ordningsparametrar, etc)
    kunna presentera resultat and tolkningar av NMR-relaxationsexperiment, både skriftligt och muntligt.
Värderingsförmåga och förhållningssätt
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • kunna kritiskt utvärdera resultatet av ett NMR-relaxationsexperiment i termer av precision och noggrannhet, tillförlitlighet, och tillämpbarhet.
    kunna kritiskt utvärdera forskningslitteratur som beskriver tillämpningar av NMR-relaxation.
    ha förmågan att välja den NMR-relaxationsteknik som är mest lämplig för en given forskningsfrågeställning.
    ha en bred insikt om tillämpningar utanför sitt eget huvudsakliga forskningsområde.
    ha förmågan att delta aktivt i kvalificerade diskussioner om tillämpningar och tolkningar av NMR-relaxationsexperiment.
Undervisningsformer
  • Seminarier
  • Projekt
  • Litteraturkurs som självstudier
  • Kursen är organiserad kring seminarier och diskussionsträffar där grupper av doktorander presenterar tilldelat inläsningmaterial.
    Kursen inkluderar dessutom ett projekt där varje doktorand får i uppgift att analysera en pulssekvens beskriven i forskningslitteraturen.
Examinationsformer
  • Skriftlig rapport
  • Inlämningsuppgifter
  • Doktoranderna löser inlämningsuppgifter under kursen.

    Som avslutning på kursen får varje doktorand sig tilldelad en forskningsartikel som ska analyseras i detalj med hjälp av den teori som presenterats i kursen och sedan presenteras i en skriftlig rapport.
  • Underkänd, godkänd
Förkunskapskrav
  • Förkunskapskrav: KFKN01, Magnetresonans — Spektroskopi och avbildning, eller en jämförbar kurs. Rekommenderade förkunskaper: Avancerad NMR-spektroskopi
Förutsatta förkunskaper
  • Matematik motsvarande kursomfånget på K- eller B-programmen på LTH
Urvalskriterier
Litteratur
  • J, C., WJ, F., AG, P., M, R. & NJ, S.: Protein NMR Spectroscopy. Principles and Practice, 2nd Ed.. Elsevier Academic Press, 2007.
  • Kursboken kommer att komplementeras med översiktsartiklar som delas ut under kursen
Övrig information
  • Kursen erbjudes när ett tillräckligt antal doktorander har uttryckt intresse. Normalt innebär detta minst 3-4 doktorander för att uppnå en välfungerande kamratundervisning.
Kurskod
  • KFK005F
Administrativ information
  • 2020-03-19
  • Margareta Sandahl

Alla publicerade kurstillfällen för kursplanen

Inga matchande kurstillfällen hittades.

0 kurstillfällen.


Utskriftsvänlig visning