Biofysikalisk kemi
Biophysical Chemistry

KFKN10F, 7,5 högskolepoäng

Gäller från och med: Höstterminen 2017
Beslutad av: Margareta Sandahl
Datum för fastställande: 2017-05-15

Allmänna uppgifter

Avdelning: Biofysikalisk kemi
Kurstyp: Gemensam kurs, avancerad nivå och forskarnivå
Kursen ges även på avancerad nivå med kurskod: KFKN10
Undervisningsspråk: Engelska

Syfte

Kursen syftar till att ge studenten: - en molekylär förståelse av proteiners struktur, stabilitet, växelverkan och dynamik. - kunskaper om de viktigaste fysikaliska metoderna som används inom modern proteinvetenskap. - praktisk erfarenhet av några av dessa metoder. den kunskapsbas som behövs för att ta del av och kritiskt bedöma forskningslitteraturen inom proteinvetenskap.

Mål

Kunskap och förståelse

För godkänd kurs skall doktoranden

• beskriva proteiners viktigaste fysikalisk-kemiska egenskaper, såsom struktur, stabilitet, växelverkan och dynamik
• förklara dessa egenskaper med hjälp av teoretiska modeller på molekylär nivå
• tolka experimentella resultat från fysikalisk-kemiska undersökningar av proteiner

Färdighet och förmåga

För godkänd kurs skall doktoranden

• använda fysikalisk-kemiska begrepp och modeller för lösa problem som rör proteiner
• tillämpa sina teoretiska kunskaper på biotekniska och biomedicinska problemställningar
• utnyttja elektroniska proteindatabaser
• utföra spektroskopiska mätningar på proteiner

Värderingsförmåga och förhållningssätt

För godkänd kurs skall doktoranden

• ta del av och kritiskt bedöma den vetenskapliga litteraturen inom proteinvetenskap
• kommunicera effektivt med forskare inom proteinvetenskap

Kursinnehåll

Kursen behandlar följande huvudmoment: - Proteiners kemiska uppbyggnad och tredimensionella strukturer: Strukturbestämning med röntgenkristallografi; Struktur- och sekvensdatabaser; Bioinformatik. - Karaktärisering av proteiner med optisk spektroskopi: Fysikaliska principer för och tillämpningar av fluorescens och cirkulärdikroism spektroskopi. - Polypeptiders konformation: Modeller för polymerkonformation och konformationsomvandlingar; Konformationsentropi; Veckningskooperativitet. - Proteiners energetik och stabilitet: Packning; Hydratisering; Elektrostatik; Termisk och lösningsmedelsinducered denaturering; Differentiell scanning kalorimetri. - Proteindynamik: Kinetiska modeller; Protonutbyte; Diffusionskontroll; Proteinveckning; Datorsimulering av proteiner. - Kärnmagnetisk resonans: Principer för NMR spektroskopi och relaxation; Bestämning av struktur, växelverkan och dynamik för proteiner i lösning. - Associationsprocesser: Ligandbindning; Allosteri; Proteinaggregering; Isoterm titrerkalorimetri; Ytplasmonresonans.

Kurslitteratur

Kurslitteraturen utgörs av kompendiet "Biophysical Chemistry", författat och årligen uppdaterat av lärarna på kursen, samt av laborationshandledningar. För den som vill gå djupare finns i kompendiet ett urval referenser och länkar till litteraturen.

Kursens undervisningsformer

Undervisningsformer: Föreläsningar, seminarier, laborationer, projekt, studiebesök

Kursens examination

Examinationsformer: Skriftlig tentamen, seminarieföredrag av deltagarna
Betygsskala: Underkänd, godkänd
Examinator:

Antagningsuppgifter

Förutsatta förkunskaper: Motsvarande KFKA05 Molekylära drivkrafter 1: Termodynamik samt KFKF01 Molekylära drivkrafter 2: Växelverkan och dynamik.

Kurstillfällesinformation

Kontaktinformation och övrigt

Kursansvarig: Kristofer Modig <kristofer.modig@lth.lu.se>
Hemsida: http://www.cmps.lu.se/bpc/education/kfk032/