lu.se

Forskar­utbildnings­kurser

Lunds tekniska högskola | Lunds universitet

Detaljer för kurs KIM065F Proteomikdataanalys

Utskriftsvänlig visning

Allmänt
  • KIM065F
  • Tillfällig
Kursnamn
  • Proteomikdataanalys
Kursomfattning
  • 3
Undervisningsform
  • Ren forskarutbildningskurs
Administrativ information
  • 7717 (Immunteknologi)
  • 2016-11-30
  • Mats Ohlin

Aktuell fastställd kursplan

Allmänt
Syfte
  • Proteomik har stor potential att ge ny biologisk insikt och att användas för att upptäcka nya biomarkörer. Användbarheten för resultat från proteomikstudier är dock i hög grad beroende av experimentell design och hur dataanalaysen utförs. Syftet med kursen är att ge deltagarna inblick i de olika stegen av dataanalys kopplade till kvantitativa, masspektrometribaserade proteomikexperiment och en grund för att kunna välja arbetsflöde och för basal hantering av masspektrometridata.
Innehåll
  • I den här doktorandkursen diskuteras egenskaper hos masspektrometribaserad proteomikdata, baserat på exempel med praktisk dataanalys. Kursdeltagarna får en överblick över befintliga lösningar för analys av proteomikdata.
    Föreläsningar i kursen kommer att behandla 1) planering av proteomikexperiment, inbegripande val av arbetsflöde och prover, 2) hantering av rådata och analys med hjälp av olika informatiska verktyg, inklusive validering av peptid- och proteinidentifieringar, 3) formatering av data för publicering och deposition i publika databaser, samt 4) grundläggande statistisk analys av resultat och funktionell annotering. Övningarna kommer att behandla utvärdering av data från två olika arbetsflöden. Resultaten diskuteras utifrån signifikans och biologisk tolkning.
Kunskap och förståelse
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • kunna redogöra för grundläggande principer för peptid- och proteinidentifiering med hjälp av masspektrometri.
    kunna redogöra för för- och nackdelar med olika kvantitativa masspektrometriarbetsflöden för proteomik.
Färdighet och förmåga
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • kunna hantera masspektrometridata i olika format.
    kunna utföra proteinidentifiering från MS/MS-data.
    kunna generera kvantitativa peptidrapporter från LC-MS/MS data.
    kunna välja masspektrometribaserat analysflöde för proteinmätningar i olika biologiska kontext
Värderingsförmåga och förhållningssätt
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • kritiskt kunna förhålla sig till resultat från kvantitativa proteomikstudier.
    inse konsekvenserna av små eller stora provgrupper, samt av multipla hypotesprövningar.
Undervisningsformer
  • Föreläsningar
  • Seminarier
  • övningar
Examinationsformer
  • Inlämningsuppgifter
  • Seminarieföredrag av deltagarna
  • Aktivt deltagande vid föreläsningar, övningar och diskussionsseminarium.
  • Underkänd, godkänd
Förkunskapskrav
Förutsatta förkunskaper
Urvalskriterier
Litteratur
  •  
  • Utdelade bilder och artiklar
Övrig information
  • Kursen ges varje höst inom ramen för Life sciences kurspaketet (http://www.cmps.lu.se/life_sciences) förutsatt att minst 6 studenter antas.
Kurskod
  • KIM065F
Administrativ information
  • 2016-11-30
  • Mats Ohlin

Alla fastställda kursplaner

1 kursplan.

Gäller från och med Första inlämning Andra inlämning Fastställd
HT 2016 2016‑11‑17 10:26:37 2016‑11‑22 11:43:37 2016‑11‑30

Aktuellt eller kommande publicerat kurstillfälle

Inget matchande kurstillfälle hittades.

Alla publicerade kurstillfällen

Inga matchande kurstillfällen hittades.

0 kurstillfällen.


Utskriftsvänlig visning