Gäller från och med: Höstterminen 2016
Beslutad av: Mats Ohlin
Datum för fastställande: 2016-11-30
Avdelning: Immunteknologi
Kurstyp: Ren forskarutbildningskurs
Undervisningsspråk: Engelska
Proteomik har stor potential att ge ny biologisk insikt och att användas för att upptäcka nya biomarkörer. Användbarheten för resultat från proteomikstudier är dock i hög grad beroende av experimentell design och hur dataanalaysen utförs. Syftet med kursen är att ge deltagarna inblick i de olika stegen av dataanalys kopplade till kvantitativa, masspektrometribaserade proteomikexperiment och en grund för att kunna välja arbetsflöde och för basal hantering av masspektrometridata.
Kunskap och förståelse
För godkänd kurs skall doktoranden
Färdighet och förmåga
För godkänd kurs skall doktoranden
Värderingsförmåga och förhållningssätt
För godkänd kurs skall doktoranden
I den här doktorandkursen diskuteras egenskaper hos masspektrometribaserad proteomikdata, baserat på exempel med praktisk dataanalys. Kursdeltagarna får en överblick över befintliga lösningar för analys av proteomikdata. Föreläsningar i kursen kommer att behandla 1) planering av proteomikexperiment, inbegripande val av arbetsflöde och prover, 2) hantering av rådata och analys med hjälp av olika informatiska verktyg, inklusive validering av peptid- och proteinidentifieringar, 3) formatering av data för publicering och deposition i publika databaser, samt 4) grundläggande statistisk analys av resultat och funktionell annotering. Övningarna kommer att behandla utvärdering av data från två olika arbetsflöden. Resultaten diskuteras utifrån signifikans och biologisk tolkning.
Utdelade bilder och artiklar
Undervisningsformer: Föreläsningar, seminarier, övningar
Examinationsformer: Inlämningsuppgifter, seminarieföredrag av deltagarna.
Aktivt deltagande vid föreläsningar, övningar och diskussionsseminarium.
Betygsskala: Underkänd, godkänd
Examinator:
Kursen ges varje höst inom ramen för Life sciences kurspaketet (http://www.cmps.lu.se/life_sciences) förutsatt att minst 6 studenter antas.
Kursansvariga: