Detaljer för kursplan för kurs KIM085F giltig från och med HT 2020 Utskriftsvänlig visning Kurskod:KIM085F Gäller från och med:Höstterminen 2020 Kursplanen är fastställd Allmänt Undervisningsspråk:Engelska Ges:Varje hösttermin Kurshemsida: Syfte Masspektrometri (MS)-baserad proteomik möjliggör idag analys av över 1000 peptider per minut och används frekvent i grundläggande proteinforskning samt för analys av kliniskt material, såsom plasma i biomarkörstudier. Proteiners funktion är ofta dynamiskt reglerad med så kallade posttranslationella modifieringar (PTM) såsom fosforylering, glykosylering och metylering. Syftet med kursen är att ge en inblick i teori och praktik för MS-baserad storskalig analys av proteom och PTMs. Efter kursen förväntas deltagare att kunna utforma och utföra skräddarsydda MS-baserade arbetsflöden för specifika vetenskapliga frågeställningar. Innehåll Kursen ger en överblick i hur masspektrometri (MS) kan användas för storskalig kvantitativ analys av proteiner och deras posttranslationella modifieringar (PTM). Föreläsningar täcker teori för masspektrometri samt nyckelaspekter av arbetsflöden för MS-baserad proteomik såsom anrikning av PTMs. Laborativa moment ger erfarenhet av provupparbetning för MS-analys, inklusive anrikning av PTM, samt hantering av MS instrument. Övningsmoment ger erfarenhet med annotering och tolkning av MS spektrum för både omodifierade och PTM-bärande peptider. Kunskap och förståelse För godkänd kurs skall doktoranden kunna beskriva grundläggande principer av vanligt förekommande masspektrometrar för proteomik. kunna beskriva vanligt förekommande driftlägen av MS samt kvantitativa metoder. kunna beskriva arbetsflöden för provupparbetning för både proteom och PTM analys. Färdighet och förmåga För godkänd kurs skall doktoranden kunna utföra och utvärdera extraktion och proteolys av proteiner från celler, anrika PTMs (fosforylering) and förbereda prover för MS-analys. kunna hantera masspektrometern för analys av förberedda prover. kunna utföra en preliminär utvärdering av insamlad PTM-proteomik data. Värderingsförmåga och förhållningssätt För godkänd kurs skall doktoranden kunna uppvisa en holistisk förståelse av MS-baserade arbetsflöden för analys av proteom och PTMs. kunna värdera, välja och utforma lämpade MS-baserade arbetsflöden för specifika vetenskapliga frågeställningar. Undervisningsformer Föreläsningar Laborationer övningar Kommentarer:Kursen ges över en vecka och innefattar föreläsningar, laborativa moment samt övningar. Examinationsformer Skriftlig rapport Seminarieföredrag av deltagarna Kommentarer:Godkänd, underkänd. För godkänd krävs (1) närvaro vid > 95 % av föreläsningar och övningar, (2) 15 minuters muntlig presentation av hur proteomik kan användas i deltagarens forskning samt (3) en 1-sidig rapport på samma ämne. Betygsskala:Underkänd, godkänd Förkunskapskrav Pågående doktorandstudier inom livsvetenskap och grundkunskaper i proteinkemi. Förutsatta förkunskaper Urvalskriterier Litteratur Litteratur: Kommentarer:Distribuerat innehåll och vetenskapliga artiklar. Övrig information Kursen ges varje höst inom ramen för Life sciences kurspaketet (http://www.cmps.lu.se/life_sciences) förutsatt att minst 6 studenter antas. Kurskod Kurskod:KIM085F Administrativ information Datum för fastställande:2020-05-28 Beslutad av:Universitetslektor Åsa Håkansson Alla publicerade kurstillfällen för kursplanen Inga matchande kurstillfällen hittades. 0 kurstillfällen. Utskriftsvänlig visning