Proteomik
Proteomics

KIM085F, 3 högskolepoäng

Gäller från och med: Höstterminen 2020
Beslutad av: Universitetslektor Åsa Håkansson
Datum för fastställande: 2020-05-28

Allmänna uppgifter

Avdelning: Immunteknologi
Kurstyp: Ren forskarutbildningskurs
Undervisningsspråk: Engelska

Syfte

Masspektrometri (MS)-baserad proteomik möjliggör idag analys av över 1000 peptider per minut och används frekvent i grundläggande proteinforskning samt för analys av kliniskt material, såsom plasma i biomarkörstudier. Proteiners funktion är ofta dynamiskt reglerad med så kallade posttranslationella modifieringar (PTM) såsom fosforylering, glykosylering och metylering. Syftet med kursen är att ge en inblick i teori och praktik för MS-baserad storskalig analys av proteom och PTMs. Efter kursen förväntas deltagare att kunna utforma och utföra skräddarsydda MS-baserade arbetsflöden för specifika vetenskapliga frågeställningar.

Mål

Kunskap och förståelse

För godkänd kurs skall doktoranden

• kunna beskriva grundläggande principer av vanligt förekommande masspektrometrar för proteomik.
• kunna beskriva vanligt förekommande driftlägen av MS samt kvantitativa metoder.
• kunna beskriva arbetsflöden för provupparbetning för både proteom och PTM analys.

Färdighet och förmåga

För godkänd kurs skall doktoranden

• kunna utföra och utvärdera extraktion och proteolys av proteiner från celler, anrika PTMs (fosforylering) and förbereda prover för MS-analys.
• kunna hantera masspektrometern för analys av förberedda prover.
• kunna utföra en preliminär utvärdering av insamlad PTM-proteomik data.

Värderingsförmåga och förhållningssätt

För godkänd kurs skall doktoranden

• kunna uppvisa en holistisk förståelse av MS-baserade arbetsflöden för analys av proteom och PTMs.
• kunna värdera, välja och utforma lämpade MS-baserade arbetsflöden för specifika vetenskapliga frågeställningar.

Kursinnehåll

Kursen ger en överblick i hur masspektrometri (MS) kan användas för storskalig kvantitativ analys av proteiner och deras posttranslationella modifieringar (PTM). Föreläsningar täcker teori för masspektrometri samt nyckelaspekter av arbetsflöden för MS-baserad proteomik såsom anrikning av PTMs. Laborativa moment ger erfarenhet av provupparbetning för MS-analys, inklusive anrikning av PTM, samt hantering av MS instrument. Övningsmoment ger erfarenhet med annotering och tolkning av MS spektrum för både omodifierade och PTM-bärande peptider.

Kurslitteratur

Distribuerat innehåll och vetenskapliga artiklar.

Kursens undervisningsformer

Undervisningsformer: Föreläsningar, laborationer, övningar. Kursen ges över en vecka och innefattar föreläsningar, laborativa moment samt övningar.

Kursens examination

Examinationsformer: Skriftlig rapport, seminarieföredrag av deltagarna. Godkänd, underkänd. För godkänd krävs (1) närvaro vid > 95 % av föreläsningar och övningar, (2) 15 minuters muntlig presentation av hur proteomik kan användas i deltagarens forskning samt (3) en 1-sidig rapport på samma ämne.
Betygsskala: Underkänd, godkänd
Examinator:

Antagningsuppgifter

Förkunskapskrav: Pågående doktorandstudier inom livsvetenskap och grundkunskaper i proteinkemi.

Övrig information

Kursen ges varje höst inom ramen för Life sciences kurspaketet (http://www.cmps.lu.se/life_sciences) förutsatt att minst 6 studenter antas.

Kurstillfällesinformation

Kontaktinformation och övrigt

Kursansvariga: