lu.se

Forskar­utbildnings­kurser

Lunds tekniska högskola | Lunds universitet

Detaljer för kurs KET080F System bioteknik - modellering

Utskriftsvänlig visning

Allmänt
  • KET080F
  • Tillfällig
Kursnamn
  • System bioteknik - modellering
Kursomfattning
  • 7,5
Undervisningsform
  • Ren forskarutbildningskurs
Administrativ information
  • 7760 (Inst för kemiteknik)
  •  -09-06
  • FN2/Eva Nordberg Karlsson

Aktuell fastställd kursplan

Allmänt
Syfte
  • En kvantitativ beskrivning av mikrobiell metabolism är grunden för utvecklingen av nya fermenteringsprodukter och förbättring av produktionsstammar. Integrationen av analys på olika nivåer av den mikrobiella metabolismen utgör området systembiologi - eller med en mer tillämpad inriktning - System Bioteknik. Kursen syftar till att ge en kvantitativ förståelse av mikrobiella processer, främst i termer av kolflöden, och ge en överblick över de simuleringsverktyg som är tillgängliga.
Innehåll
  • Fokus i kursen är stökiometrisk modelleringen av metabola nätverk, men i viss mån kommer även dynamiska nätverk att analyseras.
Kunskap och förståelse
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • Kursdeltagarna skall kunna:
    - De olika typer av nätverk som finns i en cell
    - Den matematiska grunden som krävs för stökiometriskt baserad flödesmodellering
    - Begreppen nätverkbalansering för bestämda system och linjär programmering för underbestämda system
    - Matematisk terminologi och principer för dynamisk modellering
    - Strukturen på enzymkinetiska modeller
Färdighet och förmåga
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • Kursdeltagarna förväntas kunna:
    - Sätta upp och matematiskt analysera den stökiometriska matrisen S, inklusive bestämning av nollrummet och tolka dess innebörd i ett stökiometriskt nätverk
    - Dynamiskt simulera ett reaktionssystem, analysera responstider och arbeta med poolade variabler
    - Kunna implementera ett problem i tillgänlig programvar för nätverksanalys, t.ex. COBRA eller OptFlux
Värderingsförmåga och förhållningssätt
  • För godkänd kurs skall doktoranden
  • Kursdeltagarna förväntas efter kursen kritiskt kunna bedöma nyttan av system biologi i sina egna forskningsprojekt.
Undervisningsformer
  • Seminarier
  • Laborationer
  • Projekt
  • Praktiska övningar med simuleringsverktyg, som FluxOpt och COBRA, kommer att ingå.
Examinationsformer
  • Seminarieföredrag av deltagarna
  • Se engelsk kursplan.
  • Underkänd, godkänd
Förkunskapskrav
  • Kursen är öppen för intresserade med lämplig bakgrund.
Förutsatta förkunskaper
  • Kursen förutsätter viss kunskap i linjär algebra, differentialkalkyl samt grundläggande kunskap i biokemi. Normalt täckt av några grundkurser i ovanstående ämnen.
Urvalskriterier
Litteratur
  • Palsson, B.: Systems Biology – Properties of Reconstructed Networks. Cambridge University Press, 2006.
    Palsson, B.: Systems Biology – Simulation of Dynamic Network States. Cambridge University Press, 2011.
  • -
Övrig information
  • Kursen ges då tillräckligt stort intresse för kursen finns. Kursen gavs våren 2013.
    Vid intresse kontakta Gunnar Lidén (046 – 222 0862) gunnar.liden@chemeng.lth.se
Kurskod
  • KET080F
Administrativ information
  •  -09-06
  • FN2/Eva Nordberg Karlsson

Alla fastställda kursplaner

1 kursplan.

Gäller från och med Första inlämning Andra inlämning Fastställd
HT 2013 2013‑08‑19 12:58:32 2013‑08‑19 13:30:17 2013‑09‑06

Aktuellt eller kommande publicerat kurstillfälle

Inget matchande kurstillfälle hittades.

Alla publicerade kurstillfällen

Inga matchande kurstillfällen hittades.

0 kurstillfällen.


Utskriftsvänlig visning