KET080F

Temporary

System bioteknik - modellering

7.5

Third-cycle course

7760 (Chemical Engineering)

 -09-06

FN2/Eva Nordberg Karlsson

English

If sufficient demand

En kvantitativ beskrivning av mikrobiell metabolism är grunden för utvecklingen av nya fermenteringsprodukter och förbättring av produktionsstammar. Integrationen av analys på olika nivåer av den mikrobiella metabolismen utgör området systembiologi - eller med en mer tillämpad inriktning - System Bioteknik. Kursen syftar till att ge en kvantitativ förståelse av mikrobiella processer, främst i termer av kolflöden, och ge en överblick över de simuleringsverktyg som är tillgängliga.

Fokus i kursen är stökiometrisk modelleringen av metabola nätverk, men i viss mån kommer även dynamiska nätverk att analyseras.

Kursdeltagarna skall kunna:
- De olika typer av nätverk som finns i en cell
- Den matematiska grunden som krävs för stökiometriskt baserad flödesmodellering
- Begreppen nätverkbalansering för bestämda system och linjär programmering för underbestämda system
- Matematisk terminologi och principer för dynamisk modellering
- Strukturen på enzymkinetiska modeller

Kursdeltagarna förväntas kunna:
- Sätta upp och matematiskt analysera den stökiometriska matrisen S, inklusive bestämning av nollrummet och tolka dess innebörd i ett stökiometriskt nätverk
- Dynamiskt simulera ett reaktionssystem, analysera responstider och arbeta med poolade variabler
- Kunna implementera ett problem i tillgänlig programvar för nätverksanalys, t.ex. COBRA eller OptFlux

Kursdeltagarna förväntas efter kursen kritiskt kunna bedöma nyttan av system biologi i sina egna forskningsprojekt.

Seminars

Laboratory exercises

Project

Praktiska övningar med simuleringsverktyg, som FluxOpt och COBRA, kommer att ingå.

Seminars given by participants

Se engelsk kursplan.

Failed, pass

Kursen är öppen för intresserade med lämplig bakgrund.

Kursen förutsätter viss kunskap i linjär algebra, differentialkalkyl samt grundläggande kunskap i biokemi. Normalt täckt av några grundkurser i ovanstående ämnen.

Palsson, B.: Systems Biology – Properties of Reconstructed Networks. Cambridge University Press, 2006.
Palsson, B.: Systems Biology – Simulation of Dynamic Network States. Cambridge University Press, 2011.

-

Kursen ges då tillräckligt stort intresse för kursen finns. Kursen gavs våren 2013.
Vid intresse kontakta Gunnar Lidén (046 – 222 0862) gunnar.liden@chemeng.lth.se

KET080F

 -09-06

FN2/Eva Nordberg Karlsson