Detaljer för kursplan för kurs KFK005F giltig från och med VT 2021 Utskriftsvänlig visning Kurskod:KFK005F Gäller från och med:Vårterminen 2021 Kursplanen är fastställd Allmänt Undervisningsspråk:Engelska Ges:Vid tillräcklig efterfrågan Intresseanmälan:Anmäl intresse via e-post Kurshemsida: Syfte Kursens syfte är att ge doktoranden avancerad kunskap om NMR-relaxationsteori och tillämpningar för studier av biomakromolekylär struktur och dynamik. Kursen fokuserar på metoder för att studera proteiner, men den grundläggande teorin är lika tillämplig på i stort sett alla slags molekyler i lösning. Innehåll Kursen börjar med grundläggande teori om NMR-relaxation, inklusive 'random-phase'-modellen för transversell relaxation,Bloch-Wangsness-Redfield-teori, stokastiska processer, korrelationsfunktioner och spektraltäthetsfunktioner, relaxations-mekanismer, interferenseffekter, samt kemiskt utbyte. Kurser omfattar vidare experimentella tekniker för att studera molekyldynamik med hjälp av NMR-relaxation. Kunskap och förståelse För godkänd kurs skall doktoranden förstå grundläggande principer för NMR-relaxation. ha kunskap om hur man använder BWR-teorin för att undersöka vilka relaxationsmekanismer som är aktiva för ett givet element i täthetsmatrisen. ha kunskap om olika relaxationsmekanismer. ha kunskap om korrelationsfunktioner och spektraltäthetsfunktioner. ha kunskap om mångdimensionella NMR-experiment som används för att studera molekyldynamik på olika tidsskalor. Färdighet och förmåga För godkänd kurs skall doktoranden ha förmåga att avgöra vilka relaxationsmekanismer som är aktiva i ett givet NMR-relaxationsexperiment. ha förmåga att designa nya pulssekvenser för att mäta en given typ av NMR-relaxationsdata. kunna ta välgrundade beslut om lämpliga kombinationer av NMR-relaxationsexperiment för att mäta dynamiska egenskaper hos ett protein av givet slag (storlek, spektralupplösning, etc) kunna tolka NMR-relaxationsdata i termer av molekyldynamik (rotationsdiffusion, ordningsparametrar, etc) kunna presentera resultat and tolkningar av NMR-relaxationsexperiment, både skriftligt och muntligt. Värderingsförmåga och förhållningssätt För godkänd kurs skall doktoranden kunna kritiskt utvärdera resultatet av ett NMR-relaxationsexperiment i termer av precision och noggrannhet, tillförlitlighet, och tillämpbarhet. kunna kritiskt utvärdera forskningslitteratur som beskriver tillämpningar av NMR-relaxation. ha förmågan att välja den NMR-relaxationsteknik som är mest lämplig för en given forskningsfrågeställning. ha en bred insikt om tillämpningar utanför sitt eget huvudsakliga forskningsområde. ha förmågan att delta aktivt i kvalificerade diskussioner om tillämpningar och tolkningar av NMR-relaxationsexperiment. Undervisningsformer Seminarier Projekt Litteraturkurs som självstudier Kommentarer:Kursen är organiserad kring seminarier och diskussionsträffar där grupper av doktorander presenterar tilldelat inläsningmaterial. Kursen inkluderar dessutom ett projekt där varje doktorand får i uppgift att analysera en pulssekvens beskriven i forskningslitteraturen. Examinationsformer Skriftlig rapport Inlämningsuppgifter Kommentarer:Doktoranderna löser inlämningsuppgifter under kursen. Som avslutning på kursen får varje doktorand sig tilldelad en forskningsartikel som ska analyseras i detalj med hjälp av den teori som presenterats i kursen och sedan presenteras i en skriftlig rapport. Betygsskala:Underkänd, godkänd Förkunskapskrav Förkunskapskrav: KFKN01, Magnetresonans — Spektroskopi och avbildning, eller en jämförbar kurs. Rekommenderade förkunskaper: Avancerad NMR-spektroskopi Förutsatta förkunskaper Matematik motsvarande kursomfånget på K- eller B-programmen på LTH Urvalskriterier Litteratur Litteratur:J, C., WJ, F., AG, P., M, R. & NJ, S.: Protein NMR Spectroscopy. Principles and Practice, 2nd Ed.. Elsevier Academic Press, 2007. Kommentarer:Kursboken kommer att komplementeras med översiktsartiklar som delas ut under kursen Övrig information Kursen erbjudes när ett tillräckligt antal doktorander har uttryckt intresse. Normalt innebär detta minst 3-4 doktorander för att uppnå en välfungerande kamratundervisning. Kurskod Kurskod:KFK005F Administrativ information Datum för fastställande:2020-03-19 Beslutad av:Margareta Sandahl Alla publicerade kurstillfällen för kursplanen Inga matchande kurstillfällen hittades. 0 kurstillfällen. Utskriftsvänlig visning