Engelska

Varje hösttermin

Masspektrometri (MS)-baserad proteomik möjliggör idag analys av över 1000 peptider per minut och används frekvent i grundläggande proteinforskning samt för analys av kliniskt material, såsom plasma i biomarkörstudier. Proteiners funktion är ofta dynamiskt reglerad med så kallade posttranslationella modifieringar (PTM) såsom fosforylering, glykosylering och metylering. Syftet med kursen är att ge en inblick i teori och praktik för MS-baserad storskalig analys av proteom och PTMs. Efter kursen förväntas deltagare att kunna utforma och utföra skräddarsydda MS-baserade arbetsflöden för specifika vetenskapliga frågeställningar.

Kursen ger en överblick i hur masspektrometri (MS) kan användas för storskalig kvantitativ analys av proteiner och deras posttranslationella modifieringar (PTM). Föreläsningar täcker teori för masspektrometri samt nyckelaspekter av arbetsflöden för MS-baserad proteomik såsom anrikning av PTMs. Laborativa moment ger erfarenhet av provupparbetning för MS-analys, inklusive anrikning av PTM, samt hantering av MS instrument. Övningsmoment ger erfarenhet med annotering och tolkning av MS spektrum för både omodifierade och PTM-bärande peptider.

kunna beskriva grundläggande principer av vanligt förekommande masspektrometrar för proteomik.
kunna beskriva vanligt förekommande driftlägen av MS samt kvantitativa metoder.
kunna beskriva arbetsflöden för provupparbetning för både proteom och PTM analys.

kunna utföra och utvärdera extraktion och proteolys av proteiner från celler, anrika PTMs (fosforylering) and förbereda prover för MS-analys.
kunna hantera masspektrometern för analys av förberedda prover.
kunna utföra en preliminär utvärdering av insamlad PTM-proteomik data.

kunna uppvisa en holistisk förståelse av MS-baserade arbetsflöden för analys av proteom och PTMs.
kunna värdera, välja och utforma lämpade MS-baserade arbetsflöden för specifika vetenskapliga frågeställningar.

Föreläsningar

Laborationer

övningar

Kursen ges över en vecka och innefattar föreläsningar, laborativa moment samt övningar.

Skriftlig rapport

Seminarieföredrag av deltagarna

Godkänd, underkänd. För godkänd krävs (1) närvaro vid > 95 % av föreläsningar och övningar, (2) 15 minuters muntlig presentation av hur proteomik kan användas i deltagarens forskning samt (3) en 1-sidig rapport på samma ämne.

Underkänd, godkänd

Pågående doktorandstudier inom livsvetenskap och grundkunskaper i proteinkemi.

 

Distribuerat innehåll och vetenskapliga artiklar.

Kursen ges varje höst inom ramen för Life sciences kurspaketet (http://www.cmps.lu.se/life_sciences) förutsatt att minst 6 studenter antas.

KIM085F

2020-05-28

Universitetslektor Åsa Håkansson