Proteomikdataanalys
Proteomics Data Analysis

KIM065F, 3 högskolepoäng

Gäller från och med: Höstterminen 2016
Beslutad av: Mats Ohlin
Datum för fastställande: 2016-11-30

Allmänna uppgifter

Avdelning: Immunteknologi
Kurstyp: Ren forskarutbildningskurs
Undervisningsspråk: Engelska

Syfte

Proteomik har stor potential att ge ny biologisk insikt och att användas för att upptäcka nya biomarkörer. Användbarheten för resultat från proteomikstudier är dock i hög grad beroende av experimentell design och hur dataanalaysen utförs. Syftet med kursen är att ge deltagarna inblick i de olika stegen av dataanalys kopplade till kvantitativa, masspektrometribaserade proteomikexperiment och en grund för att kunna välja arbetsflöde och för basal hantering av masspektrometridata.

Mål

Kunskap och förståelse

För godkänd kurs skall doktoranden

• kunna redogöra för grundläggande principer för peptid- och proteinidentifiering med hjälp av masspektrometri.
• kunna redogöra för för- och nackdelar med olika kvantitativa masspektrometriarbetsflöden för proteomik.

Färdighet och förmåga

För godkänd kurs skall doktoranden

• kunna hantera masspektrometridata i olika format.
• kunna utföra proteinidentifiering från MS/MS-data.
• kunna generera kvantitativa peptidrapporter från LC-MS/MS data.
• kunna välja masspektrometribaserat analysflöde för proteinmätningar i olika biologiska kontext

Värderingsförmåga och förhållningssätt

För godkänd kurs skall doktoranden

• kritiskt kunna förhålla sig till resultat från kvantitativa proteomikstudier.
• inse konsekvenserna av små eller stora provgrupper, samt av multipla hypotesprövningar.

Kursinnehåll

I den här doktorandkursen diskuteras egenskaper hos masspektrometribaserad proteomikdata, baserat på exempel med praktisk dataanalys. Kursdeltagarna får en överblick över befintliga lösningar för analys av proteomikdata. Föreläsningar i kursen kommer att behandla 1) planering av proteomikexperiment, inbegripande val av arbetsflöde och prover, 2) hantering av rådata och analys med hjälp av olika informatiska verktyg, inklusive validering av peptid- och proteinidentifieringar, 3) formatering av data för publicering och deposition i publika databaser, samt 4) grundläggande statistisk analys av resultat och funktionell annotering. Övningarna kommer att behandla utvärdering av data från två olika arbetsflöden. Resultaten diskuteras utifrån signifikans och biologisk tolkning.

Kurslitteratur

Utdelade bilder och artiklar

Kursens undervisningsformer

Undervisningsformer: Föreläsningar, seminarier, övningar

Kursens examination

Examinationsformer: Inlämningsuppgifter, seminarieföredrag av deltagarna. Aktivt deltagande vid föreläsningar, övningar och diskussionsseminarium.
Betygsskala: Underkänd, godkänd
Examinator:

Antagningsuppgifter

Övrig information

Kursen ges varje höst inom ramen för Life sciences kurspaketet (http://www.cmps.lu.se/life_sciences) förutsatt att minst 6 studenter antas.

Kurstillfällesinformation

Kontaktinformation och övrigt

Kursansvariga: